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近期北市府一系列的作為，讓柯文哲遭外界批「甩鍋卸責」。

提醒已接種第一劑AZ COVID-19疫苗者，請於間隔10至12週後完成第二劑接種，使疫苗發揮最大效益；指揮官陳時中另指出，醫療專家不建議疫苗混打。

然而，此說法引來機構家屬不買單；據媒體報導，一名家屬投訴，北市府根本未召開所謂家屬說明會，衛生局僅第一時間靠照片記錄處理，沒有派員了解等更多作為，且也是到有家屬確診，才得知機構爆發感染；其住該機構的母親從15日確診至今，已住院6天還在與肺炎搏鬥。而北市衛生局也坦言，15日有向黃報告狀況，長照科原預計17日召開說明會，但考量三級警戒避免群聚風險，因此盼以視訊方式進行，但很多家屬沒有相關設備，出現執行困難，最後僅衛生局與機構進行會議，確實沒與家屬直接召開說明會。

對於柯文哲的做法，林昶佐批，他都不做正事，說他管不了別人，甩鍋給別人，但這些都和防疫無關。

陳宗彥指出，5日指揮中心有邀集台北市、農委會、北市農委會、新北市果菜運銷公司等，針對北農事件做討論。

侯友宜表示，萬一北農有休市或是降載的可能，新北果菜公司就會承接起這個量，讓民生物資不要受到短缺的影響。

陳時中緩頰，衛生局在6月14日有請醫院全面採檢，但在前面有案例出現後，機構判定劃分風險區域處理，就足以因應，而認為群聚可能性低，只有區隔部分人並送醫，公平來講是判斷的問題，不能說業者隱匿。

「疫情已獲得控制，也正在進行復原工作，且社區的部分影響非常輕微。」王必勝指出，竹南社區快篩站19天篩檢約3400人，只有3人確診，1人有萬華活動史，2人有工廠活動史，都有來源，陽性率0.09%，社區沒有受到影響。

黃珊珊指出，之前部分依照衛福部因應住宿型新冠肺炎指引，若只是外來的就先協助分艙分流，而後來發現一直有個案的情況下，才全面介入接管，並無耽誤任何時間，後面都是市政府協助機構，安置住民到各醫院或防疫旅館。此外，他也說，不管陽性、陰性，重要的是家屬都很清楚所有過程，北市都有跟家屬開說明會，目前家屬也沒出來說有任何不滿，都在掌控之中。

林靜儀強調，重點是匡列隔離！台北衛生局疫調不實會害慘全台灣！她呼籲，之前疫情嚴重時的集中隔離檢疫場所，現在比較有空間了，台北市必須儘速匡列進入隔離檢疫的人員！

此外，柯文哲就本土疫情爆發後的防疫戰略，屢屢強調因以最低成本進行防疫工作；而如今北農群聚感染爆發，是否因當初人員分流未強制進行，才釀高昂代價？柯文哲回應，「這個就是過猶不及」，若北農出現一個案例就下令休市，「開什麼玩笑？整個從台北到中南部會大亂，不需要一開始就超前部署講太多，為了一個可能小危險做太多動作，搞到系統不能運作。」